המזכירות האקדמית היא הזרוע המבצעת בתחום המנהל האקדמי בבצלאל.

היא משמשת כגוף המתאם את הפעילות המנהלית-אקדמית החל משלב הגשת המועמדות לבצלאל ועד לסיום הלימודים האקדמיים, לרבות טיפול במערך חילופי הסטודנטים בחו"ל ותכניות מיוחדות.  

במזכירות האקדמית פועל 'המרכז לפניות הסטודנט' המטפל בפניות בתחום שכר הלימוד, אישורי לימודים, כיתות לימוד ועוד.

עמוד המזכירות האקדמית מתעדכן באופן שוטף לגבי מידע לסטודנטים בנושאים כלל בצלאלים חוצי מחלקות כגון: תקנוני ונהלי האקדמיה, שכר לימוד, נהלי חילופי סטודנטים, לוחות שנה, שנתון אקדמי ועוד.